Nació en Junín, provincia de Buenos Aires, el 31 de julio de 1910. Su carrera comenzó en el Club Junín. Figura calamar de los años ’30, integrando como half izquierdo una línea media histórica junto a Gregorio Esperón y Cataldo Spitale. Disputó 209 partidos y marcó un gol, entre 1932 y 1939. Debutó en el 1-1 con Vélez, por la 22° fecha del 32′ (21 de agosto).
VELEZ SARSFIELD: Curti; Forrester y De Sáa; Maggiolo, Spinetto y Ruscitti; Merani, De Dovitis, A. González, Luppo y Roggero.
PLATENSE: Gualco; Belvidares y Ferrario; Devoto, Arrese y Pajoni; Campilongo, J. Pérez, Landolfi, Ferrara y Beristain.
Goles: PT 37’ Merani. ST 29’ Beristain.
Juez: Galdi.
Recaudación: $ 1.606.-
En 1944 y ante una huelga de árbitros, se transformó en el primer juez principal de la historia del profesionalismo, que dirigió con anteojos tres partidos.
Su otra pasión fue la medicina, ejerció como pediatra muchos años en el Hospital Ferroviario.
Mario Raúl Pajoni, murió el 19 de abril de 1970, a raíz de un accidente automovilístico.